《现代汉语词典》(第7版)指出，“含义”指词句等“所包含的意义”。《当代汉语词典》进一步指出，“含义”指“字、词、句等中所包含的意义”。例如：
(1)这个字的含义是什么？
(2)一个词可能有几个含义。(《现代汉语学习词典》)
(3)要理解词语的确切含义。(《现代汉语规范词典》)
(4)经过老师讲解，同学们才明白这个词的准确含义。(《现代汉语大词典》)
对“含意”的用法，新出版的工具书如《现代汉语应用规范词典》等，有很好的归纳：“多指隐含的深意或言外之意。”也就是说，“含意”多用来指词句中含有的深意或言外之意。例如：
(1)猜不透她这话的含意。(《现代汉语词典》)
(2)她不知道对方那几句话里的真实含意。(《现代汉语大词典》)
(3)你要仔细体味他这些话的含意。(《现代汉语规范词典》)
(4)他的话里还有另一层含意。(《现代汉语应用规范词典》)
所以，“含义”是指词语的基本意思，可以称之为“语文义”；而“含意”则指词句里的深意或言外之意。两者用法有所不同。
提问句中的“南京及其所包含的复杂含义”，是指句子里“南京”所包含的某种“深意”，而不是指“南京”这个地名的基本意思。因此，宜写成“南京及其所包含的复杂含意”。
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