战争是两国间交流的极端手段，中日两国在历史上就曾发生过六次战争，给中日两国带来了十分重大的影响。
一、白江口之战
白江口之战，发生于公元663年，是唐朝、新罗联军与日本、百济联军于白江口（今韩国锦江入海口）发生的一次水战。公元663年，日军（4万2千，有战船1000余艘），唐军（1万3000，战船170艘）在百济白江口展开了激烈海战。唐将刘仁轨指挥船队变换阵形，分为左右两队，将日本军队围住，其舰只相互碰撞无法回旋，士兵大乱。最终，日军战船全部被焚毁，数万日军被杀或溺死。在此次战役中，唐朝水军充分发挥自身优势，将兵力、船舰皆数倍于己的日本水军打得大败，堪称一次以少胜多的经典水战。
白江口之战是中日两国在历史上进行的第一次战争，以唐朝、新罗联军的胜利告终。自此，日本开始向唐朝称臣，不断派出遣唐使，学习唐朝先进的文化，科技和制度。
二、元日之战
元日之战，是元朝与属国高丽在1274年和1281年两次派军攻打日本的战争。1274年(元至元十一年、日文永十一年)和1281年(元至元十八年、日弘安四年)元世祖忽必烈先后发动两次征日战争，1274年，忽必烈任命征东元帅忻都、右左副帅洪茶丘和刘复亨统率蒙汉军2万人、高丽军5000人、水手6700人进军日本，但战争过程中突然降临的暴风雨使元朝军队和船舰损害惨重，不得不撤退回国，元朝第一次征日以失败告终。元朝不甘心失败，在1279年(元至元十六年)灭南宋后，决定兵分两路，进行第二次征日，东路军4万人由忻都、洪茶丘统率，江南军10万人由范文虎指挥，兵船共4400艘，不料在即将发动全面进攻的当天夜里，暴风雨又起，元军兵船不完全具备海上能力，大部分战船沉没，第二次征日又告失败。
元朝两次征日均以失败告终，日本把原因归结为“神风”保佑，此次战争过后，日本嚣张跋扈，开始主动挑衅中国，两国关系自此打上死结。
三、抗倭之战
明朝东南沿海抗倭之战，发生于明朝嘉靖年间，倭寇是指十四至十六世纪侵扰劫掠中国和朝鲜沿海地区的日本海盗，给沿海地区的老百姓造成重大的生命威胁和财产损失。嘉靖三十四年（1555年）五月，由各族人民组成的抗倭军队，在明朝爱国将领张经领导下，于王江泾（今浙江嘉兴北）大破倭寇，这是抗倭战争以来最大的一次胜利。次年，倭寇劫掠福建福安等地，遭到当地畲族人民的奋起抗击。 嘉靖四十二年（1563年），败走福建的倭寇，窜犯台湾鸡笼（基隆）一带，被高山族人民赶走。而民族英雄戚继光率领戚家军，与其他明军配合，多次打败倭寇，最终取得了抗倭战争的最后胜利。
抗倭之战是中国历史上第一次反侵略战争，中国军民抗倭之战的胜利，基本消除了明朝近200年的倭患，是抗击外来侵略、保卫祖国海疆的著名战例。
四、万历朝鲜战争
万历朝鲜战争（朝鲜：壬辰倭乱，日本：文禄・庆长之役），是指发生于十六世纪末于朝鲜半岛的局部战争。战争分为两段，前后持续七年。
1592年4月，日本实际统治者丰臣秀吉派遣16万人前往朝鲜，万历朝鲜战争揭开序幕。日军在战争初期处于绝对优势，一个月攻陷朝鲜京城，驱逐朝鲜国王李昖，朝鲜国王向宗主国明朝求援，万历皇帝很快派出5万大军前去救援，数次交手互有胜负，1595年，日本和明朝议和，战争第一阶段结束。
1597年正月，日军14万大军再侵朝鲜，朝鲜二次求援，明朝紧急调4万兵力赴朝迎敌，明朝后续不断增兵，最高至7万，战争过程中仍互有胜负，最后由于丰臣秀吉意外病死，日军全部撤退回国，战争第二阶段结束，万历朝鲜战争结束。
丰臣秀吉
明神宗
朝鲜肃宗曾言：“神宗皇帝于我国，有万世不忘之功矣。当壬辰板荡之日，苟非神宗皇帝动天下之兵，则我邦其何以再造而得有今日乎？”虽然万历朝鲜战争以明朝和朝鲜联军的胜利告终，但此次战争消耗了明朝的大量国力，加速了明朝的灭亡。
五、中日甲午战争
中日甲午战争为19世纪末日本侵略中国和朝鲜的战争。按中国干支纪年，战争爆发的1894年为甲午年，故称甲午战争（日本称日清战争）。甲午战争以1894年（清光绪二十年）7月25日丰岛海战的爆发为开端，至1895年4月17日《马关条约》签字结束。这场战争以中国战败、北洋水师全军覆没告终。中国清朝政府迫于日本军国主义的军事压力，签订了丧权辱国的不平等条约——《马关条约》。
中日甲午战争
甲午战争的失败给中华民族带来空前严重的民族危机，大大加深了中国社会半封建半殖民地的程度。
六、抗日战争
抗日战争，是指20世纪中期第二次世界大战中，中国抵抗日本侵略的一场民族性的全面战争。从1937年七七事变国民政府发表《告全体将士书》至1945年日本宣布投降结束，历时八年，被称为八年抗战，或简称抗战；另一说法抗战的时间应从1931年9月18日九一八事变开始算起，至1945年结束，共十四年。
1931年，侵华日军发动九一八事变后，完全侵占中国东北，并成立伪满洲国，此后陆续在华北、上海等地挑起战争冲突，国民政府则采取妥协政策避免冲突扩大。1937年7月7日，日军在北平附近挑起卢沟桥事变，中日战争全面爆发。1941年12月7日日本发动太平洋战争后，美国的罗斯福政府正式对日宣战，中国战场成为二战的主战场之一。1945年8月15日，日本向同盟国无条件投降。
抗日战争形势图
中国人民抗日战争，是中华民族历史上最伟大的卫国战争，是中国人民反抗日本帝国主义侵略的正义战争，是世界反法西斯战争的重要组成部分，也是中国近代以来抗击外敌入侵第一次取得完全胜利的民族解放战争。