基金由基金公司管理运作，主要由相应的基金管理人进行投资，如投资股票、债券、短期货币工具等。
余额宝对接的是货币基金，货币基金就是由货币基金经理进行投资短期货币工具，从而实现盈利的过程。
那么货币基金和其他的三大类基金（债券基金、混合基金和股票基金）有什么区别呢？
其区别主要可以概括为两类：
一、投资标的不同
债券基金，它的主要投资标的就是债券，比如国债、企业债和可转债等；混合型基金，它主要投资标的是债券和股票；股票基金，它的主要投资标的就是股票。
显而易见，货币基金主要的投资标的就是货币工具，而为了保证货币基金的流动性和控制货币基金的风险性，期限又做了限制，比如投资的债券的剩余期限不能超过397天（可投资少量超过一年期的优质债券），且资产平均期限不能超过120天。因此，我们称该货币工具（期限1年以内）为短期货币工具，即货币基金主要投资于短期货币工具。
货币基金资产主要投资于短期货币工具（一般期限在一年以内，平均期限120天），如国债、央行票据、商业票据、银行定期存单、政府短期债券、企业债券（信用等级较高）、同业存款等短期有价证券。
从上面的投资标的可看出，在一定期限内都有较为稳定的收益。比如国债到期就可以拿到利息，比如央行票据到期同样可以拿到相应的利息。所以收益从何而来？就是从这些短期货币工具投资获取相应利息收益而来。
二、采用的算法不同
其他的三大类基金都采用净值法计算每个交易日的净值。比如当日基金净值1元，在当天交易日中投资股票平均涨1%，那么基金份额净值就会增长1%，当天交易日下午3点之前申购或赎回都会以1.01元确认基金份额。
而货币基金采用摊余成本法每日计提收益，且忽略市场风险，其净值永远保持1元。
比如基金经理以100块钱买入票面价值100元的国债，如一年到期利息收益为3.65%，那么到期便可以收到3.65元的利息。将这3.65元摊销到每一天，即3.65/365=0.01元，即100元每天的收益就是0.01元。1万元每天的收益就是1元，就是我们所看到的每日万份收益。
其中，忽略了市场波动风险和债券违约风险。比如由于市场原因该债券可能跌到95元甚至90元，而货币基金却以买入价100元计提每日收益（不是净值计算，假设持有到期，拿回本金和相应利息）——但债券多多少少存在违约风险，即到期无法拿回本金和利息，然而货币基金却将还未到手收益平摊掉（购买优质债券，比如国债通常被认为无信用风险债券，也就被忽略了风险），忽略了债券违约风险。
当然为了避免市场风险，货币基金的监管较为严格，比如不能购买信用等级在AAA级以下的企业债券，且剩余期限较短，不易出现违约风险，甚至监管层都干预货币基金的规模。
7日年化收益率是以最近七天平均万份收益率年化的结果，该收益率跟随货币市场变动而变动，可参考Shibor（上海拆借）3月或6月的利率，或者国债逆回购91天或182天的利率——货币基金7日收益率通常存在一定的滞后，特别是规模越大的货币基金，比如余额宝对接的货币基金。
总而言之，不能拿银行存款和货币基金相比较，首先其性质完全不一样，前者是一种债权，一个是收益凭证。其次就是风险不在同一层面上，货币基金的风险是要大于银行存款，特别是活期存款，其流动性风险更低，不要只看到收益的时候忽略风险。