由于装卸和运输的标准化，集装箱在运输过程中不需要更换，因此适用于各种运输方式。集装箱运输提供便捷的门到门服务，装卸、运输、通关(反走私/反恐)效率高，已成为全球重要的运输方式。在集装箱运输中，除了“设备交接单”、“码头收据”和“交接记录”这三种主要单据外，通常还涉及以下九种单据：
1、订舱单
订舱单全称订舱委托书，由船公司或其他承运人在接收发货人（或托运人）的订舱时，根据发货人的口头或书面申请货物托运的情况用以安排集装箱货物运输而制作的单证。
订舱单的主要内容有：（1）托运人名称，收货人名称；（2）货名、件数、包装式样、标志、重量和尺码；（3）目的港或目的地；（4）装运期限；（5）结汇期限；（6）能否分批运输或转船运输；（7）对签发提单的要求。
2、订舱清单
订舱清单是船公司或其代理公司根据订舱单所记载的内容绘制的不同货物的交接地、装卸地一览表。
订舱清单汇制后，船公司或其代理应分别寄送有关部门，如集装箱码头堆场、集装箱货运站。作为上述部门接受货物、集装箱交接的资料，订舱清单的主要作用有：（1）作为用箱人与集装箱码头堆场空箱交接的依据；（2）作为集装箱货运站接收货物的参考资料；（3）作为货物装箱作业的指导书；（4）作为集装箱运输经营人配置不同种类、规格、数量集装箱的依据。
3、集装箱装箱单
集装箱装箱单是指记载每一个集装箱内所装货物名称、数量、尺码、重量、标志和箱内货物积载情况的单证，是一张极其重要的单据。。每个载货集装箱都要制作这样的单据，它是根据已装进集装箱内的货物制作的。不论是由发货人自己装箱的(FCL)，还是由集装箱货运站负责装箱(LCL)，负责装箱的人都要制作装箱单。集装箱装箱单每一个集装箱一份，一式五联，其中：码头、船代、承运人各一联，发货人、装箱人两联。
主要作用有：（1）是发货人向承运人提供集装箱内所装货物的明细清单；（2）在装箱地向海关申报货物出口的单据，也是集装箱船舶进出口报关时向海关提交的载货清单的补充资料（3）作为发货人，集装箱货运站与集装箱码头之间的货物交接单；（4）是集装箱装、卸两港编制装、卸船计划的依据；（5）是集装箱船舶计算船舶吃水和稳性的基本数据来源；（6）在卸箱地作为办理集装箱保税运输手续和拆箱作业的重要单证；（7）当发生货损时，是处理索赔事故的原始依据之一。
4、卸货报告
卸货报告又称为“货物确卸报告”或“卸货记录”是指集装箱码头堆场或集装箱货运站在接收货物时，如发现货物状况异常，并在场站收据的备注栏内记录，事后根据所记录内容编制而成的单证。
主要作用有：集装箱货运站和集装箱堆场在货物交付后，把交货记录中记载的批注及时汇总起来编成清单，送交船公司或其代理人。船公司根据这一报告掌握货物灭失和发生损坏的情况，以便采取必要措施；同时也可作为收货人对货物灭失或损坏提出索赔时，船公司理赔的重要依据。不过，有些船公司不要求提交这一单据，而以交货记录作为理赔的依据。
5、装货单
装货单是指船公司或其代理人在接受托运人提出托运申请后，发给托运人的单证，同时也是命令船长将单上货物装船的凭证。通常情况下，只有经海关签章后的装货单，船方(或陆路运输单位)才能收货装船、装车等。因此，实际业务中，装货单又称为“关单”。
按国际一般惯例，装货单一般是一式三联。第一联留底，为船方缮制装货清单之用；第二联是装货单；第三联为收货单，即大副收据。
装货单主要作用有：（1）是承运人确认承运货物的证明。承运人签发装货单，即表明已办妥托运手续，承运人已同意承运单上所列货物，装货单一经签订，运输合同即告成立；（2）是海关对出口货物进行监管的单证。托运人凭装货单及其它有关单证，办理出口报关手续，海关核准出口，即在装货单上加盖海关放行章；（3）是承运人通知码头仓库或装运船舶接货装船的命令。托运人将装货单连同货物送交承运人指定的仓库或船舶，理货人员按积载计划由装卸工人分票装船后，即将实装货物数量、装舱部位及装船日期项写在装货单上，交船方留存备查。
6、装货清单
装货清单是根据装货联单中的托运单留底联，将全船待运货物按目的港和货物性质分类，依航次靠港顺序排列的装货单的汇总单。
装货清单是船舶大副编制船舶积载图（Stowage plan）的主要依据，又是供现场理货人员进行理货、港方安排驳运、进出库场以及掌握托运人备货及货物集中情况等的业务单据。当有增加或取消货载的情况发生时，则船公司或其代理应及时填制“加载清单”或“取消货载清单”并及时分送船舶及有关单位。
7、提单
这里指海运提单，在对外贸易中，由集装箱运输经营人或其代理人在收到或接管货物后签发给发货人或托运人的一种凭证，简称B/L，证明运输物品已被接收或装船，并待进海上运输后，在指定港口把货物交给正当的提单持有人的一种有价证券，也是运输公司和货主间的一种运输合同。
提单具有以下三项主要功能：（1）货物收据，对于将货物交给承运人运输的托运人，提单具有货物收据的功能；（2）物权凭证，对于合法取得提单的持有人，提单具有物权凭证的功能；（3）合同成立的证明文件，提单上印就的条款规定了承运人与托运人之间的权利、义务，而且提单也是法律承认的处理有关货物运输的依据，因而常被人们认为提单本身就是运输合同。
8、空箱提交单
空箱提交单，又称集装箱发放通知单，俗你提箱单，是船公司或其代理人指示集装箱堆场将空集装箱及其他设备提交给本单持有人的书面凭证。
在集装箱运输中，发货人如使用船公司的集装箱，并为了要把预定的货物装在箱内，就要向集装箱堆场或空箱储存场租借空箱，通常是由船公司提供空集装箱，借给发货人或集装箱货运站。在这种情况下，船公司或其代理人要对集装箱堆场或空箱储存场发出交箱指示，但是由于空集装箱是一个售价较高的设备，因此不能只靠简单的口头指示，还要向发货人或其代理人提交空箱提交单，集装箱堆场或空箱储存场只对持有本单证的人提交空集装箱，以确保交接安全
9、货物托运单
货物托运单是托运人根据贸易合同和信用证条款内容填制的， 向承运人或其代理办理货物托运的单证。承运人根据托运单内容，并结合船舶的航线、挂靠港、船期和舱位等条件考虑，认为合适后，即接受托运。
托运单是运货人和托运人之间对托运货物的合约，其记载有关托运人与送货人相互间的权利义务。运货人签收后，一份给托运人当收据，货物的责任从托运转至运送人，直到收货人收到货物为止。如发生托运人向运货人要求索赔时，托运单是必备的文件。运货人输入托运单上数据的正确与否，影响后续作业甚大。