众所周知，阿里有18位创始人，被称为“十八罗汉”。基本都是马云以前的同事和学生。1999年，这18个人集资50万，创办了阿里巴巴。虽然没有透露每个人贡献了多少，但马云应该是最多的。
50万在当时来说也不算少，但互联网烧钱的速度太快了，根本就支撑不了多久。很多人都知道马云用几分钟说服孙正义，让软银投资，拯救了阿里的故事。但实际上阿里的第一笔融资，并不是来自软银，而是美国高盛集团，金额是500万美元，由阿里创始人之一的蔡崇信牵头引入。有意思的是在2015年，阿里将高盛集团副主席J. Michael EVANS挖来，担任集团总裁，如今还进入了董事会。
高盛投资后，至于阿里团队让出了多少股份，并没有公开。随后在2000年，互联网泡沫发生，阿里陷入绝境，马云到处求救，最后孙正义出手，投资2000万美元。在2004年，阿里又获得8200万美元融资，其中软银投资6000万美元。
到这个时候，马云团队的股份已经大幅稀释，只剩下47%，软银持股20%，富达持股18%，其它VC持股15%。不过，他们仍然是第一大股东。
到了2005年，阿里拿到了美国雅虎10亿美元的巨额融资。由此，雅虎成为第一大股东，持股40%，马云团队持股31%，软银持股29%。虽然失去了大股东地位，但马云很厉害，和雅虎约定到2010年10月前，马云的CEO职位不能解除，并且继续拥有控制权。也就是说，虽然不是大股东，但马云团队仍然掌控公司。
马云还是很厉害的，为了不在2010年之后失去控制权，阿里开始试行合伙人制度，通过合伙人控制一半以上的董事，从而控制公司。果不其然，过了2010年后，马云就和雅虎闹僵，阿里花费71亿美元收购了雅虎20%的股份，从而再次夺回了控制权。
2014年是阿里巴巴发展史上最重要的时刻之一，这一年，阿里整体在美国上市，募资高达220亿美元，阿里集团市值也是一路攀升，之后成为了全球市值前十，亚洲第一的公司。上市后，各大股东的股份都被稀释了，软银持股34.4%，成为第一大股东，雅虎持股22.6%是第二大股东，马云持股8.9%，蔡崇信持股3.6%。
之后几年，雅虎持续减持套现，到2019年9月，不到0.2%，消失在主要股东名单。曾经巨额投资的雅虎，终究没能和阿里一直走下去，不过，雅虎创始人杨致远却一直在阿里董事会。
自从在美国上市后，马云几乎每年都有减持，从2014年9月到2020年7月，马云持股比例分别为8.9%、7.8%、7%、6.2%、6.1%、4.8%，一路减持，套现了不少钱。
特别是在2020年，减持套现了430亿元。有人说马云在阿里高位套现，因为从下半年到现在，阿里的股价大幅下跌，目前市值为4382.73亿美元，相比最高点的近8000亿美元，几乎是腰斩。
到2021年7月，阿里提交业绩报告显示，马云已经从主要股东名单中消失，并没有显示还持有多少股份。有人说马云是不是已经全部套现离场了？毕竟这半年多来，马云遭遇了很多事情，口碑大幅下降，他也变得低调起来，很少公开露面。
不过，阿里给出的解释是马云既不担任阿里高管，也不是董事，持股低于5%，所以不用披露。蔡崇信虽然持股只有1.4%，但他仍然是阿里董事会执行副主席。
2020年10月，马云在外滩金融峰会上侃侃而谈，再次说出狂言。随即蚂蚁集团上市被叫停，并被调查，要求整顿。在这之后，也没有了什么时候能上市的消息。而阿里集团也被反垄断调查，最终被罚了182亿元。
马云也是从那个时候开始，逐渐消失在公众视野。那他到底在干什么呢？今年蔡崇信透露了他的动向，说他把精力放在了公益和兴趣爱好上，保持着低调。
其实，马云不管持有多少股份，都牢牢掌控着阿里，因为他是永久合伙人。马云全部套现也不可能，至少目前还不会，他仍然关注着阿里的发展。在前段时间，他还出现在浙江嘉兴，考察农场，为阿里的农业发展操心。