对于DRG/DIP付费需要拆分为分组与付费两部分，而实际上付费本质上更多指的就是付费政策，怎样进行医保基金支付的问题。由于DRG/DIP付费是一个庞大的政策体系，故本文只针对于DRG/DIP怎么付费进行核心要点说明。
一、预算总额
无论是DRG付费还是DIP付费，医保基金都会制定“预算总额”。由于医保基金的收入是有限的；医保基金的使用又要坚持“以收定支、收支平衡、略有结余”的原则；医保基金不仅用于DRG/DIP付费，还要用于门诊慢特病、异地住院医疗等；所以为了保障各医保业务的正常开展，保障医保基金用到实处，就会针对各医保业务类型制定预算总额（俗称“总盘子”、“总控”）。在制定预算总额的基础上，为了预防突发事件往往会预留“风险金”进行调剂。
此处需要多还说一下的是，在进行总额预算时医保会参考历史医保基金的支出情况。所以，如果医疗机构大量发生费用转嫁至门诊或院外自费、推诿患者至异地的行为，就容易导致来年DRG/DIP预算总额下降。这种行为也属于DRG/DIP付费下的审核监管重点–“转嫁费用”、“推诿患者”，是不可取的。
二、病例支付
通过笔者的仔细观察，全国在进行DRG/DIP单个病例支付的时候，根据计算特点分为两种方法，笔者将其分为：报销比例乘法、费用扣减法。
1、报销比例乘法
医保基金应支付住院费用=〔（参保人员住院所属DRG组的支付标准－全自费费用－先自付费用－起付线）×政策规定的基金支付比例〕
2、费用扣减法
医保基金应支付住院费用=〔参保人员住院所属DRG支付标准-（住院总费用-按项目基本医保基金支出金额）〕
3、两者区别
（1）患者住院总费用与DRG/DIP支付标准一致时，两种算法计算结果一致，医保基金DRG应支付住院费用与按项目基本医保基金支出金额一致。
（2）患者住院总费用小于DRG/DIP支付标准时，报销比例乘法将住院总费用与DRG/DIP支付标准的结余部分未全额支付，而是因报销比例参与计算将结余部分按报销比例支付给医疗机构，费用扣减法较报销比例乘法多支付医保基金。
（3）患者住院总费用大于DRG/DIP支付标准时，报销比例乘法将住院总费用与DRG/DIP支付标准的亏损部分未全部扣减，而是因报销比例参与计算将差额部分按（1-报销比例）由医保基金承担，费用扣减法较报销比例乘法少支付医保基金。
三、年终清算
城乡居民基本医疗保险与职工基本医疗保险在各地开展DRG/DIP付费的时候，有的地方会统一制定点值/费率；有的地方会分开制定点值/费率。造成这样差异的主要原因在于两种基本医疗保险是需要独立核算以及各地医保基金的承受能力不一。
在DRG/DIP年终清算时，首先各地医保会再次确认当年的清算总额。比如，当年医保基金受疫情、政策调整等因素的影响导致基金支出大幅增加，就会动用风险金进行调剂。在部分地方，认为医疗机构合理结余是有上线的，所以会设定一个医院结余留用的最大比例进行年终清算。从这里不难看出，医院将费用转嫁至门诊或院外、服务不足、推诿患者等行为也会影响年终清算总额。
另外，在DRG/DIP改革初期，有的地方也会给医疗机构充足的适应空间，制定“超支分担”机制，分担医疗机构DRG/DIP付费对比项目付费亏损部分。