秦始皇的身世是一桩千古疑案。《史记·吕不韦列传》说：“吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚（注——在赵国作人质的异人，后来的秦庄襄王）从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。”大意是说，吕不韦娶邯郸女子赵姬。因为子楚与吕不韦的关系，吕不韦将赵姬送给了子楚。十个月后，赵姬生下一子，名政。这段话非常直接地告诉人们：秦始皇是吕不韦的儿子。而在《史记·秦始皇本纪》中有“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。”意思是秦始皇是秦庄襄王（异人）的儿子。
同一件事情，司马迁在《史记》的记载却不尽相同，这就“诞生”了一个旷世谜题：秦始皇的生父究竟是谁？
秦始皇兵马俑博物馆一号坑内出土的陶俑 新华社资料图
秦始皇的生父是谁难以定论，但生母还是有迹可循的，史书上没留下她的名字，只称“姬”。她是赵国邯郸人，故称她为赵姬，这一称呼始见于《东周列国志》。赵姬本是吕不韦的妾，吕不韦在家中宴请异人，席间赵姬献舞助兴被异人看中，请求把此女赐给他。就这样，赵姬随了异人，生下嬴政。这段故事史书称“不韦献姬”。而《战国策》中对此并没有记载。
秦昭王四十五年（前262年），吕不韦到赵国首都邯郸经商，遇见在赵国作人质的异人（后更名子楚），异人在安国君20多个儿子中排行中间，异人母亲夏姬也只是安国君众多妻妾中的一位。异人得不到父亲喜欢，后来被打发去赵国作人质。
人质是两周时期为解决两国双边关系取信对方的办法，通常结盟订约后派遣人质到对方，作为相互信任的佐证。据学者研究，当时，强国派送人质的行为比弱国人数多，且频繁。比如，秦国、魏国、赵国、楚国派送人质多，反倒实力弱的燕国、韩国派送人质少。这大概是因为强国战事频繁，有求于他国的情况更多。
异人大概是在秦昭王四十二年（前265年）被送去作人质。这一年，赵孝成王即位，秦赵两国有改善关系的契机。
异人在赵国过着没落公子的生活，一次偶然机会与大商人吕不韦相识，吕不韦激动说：“奇货可居。”吕不韦凭借商人的天赋，决定把“奇货”献给华阳夫人，并送去大量奇珍异宝，请华阳夫人收异人为养子，日后有个依靠。
吕不韦为何会想出这个操作，这与当时的形势有关。据记载，华阳夫人出身楚国贵族，芈姓，是安国君的爱妃。安国君的父亲秦昭王（嬴稷）是宣太后（亦芈八子、芈月，秦惠文王之妻）之子，华阳夫人就是宣太后的孙媳妇。
当时芈氏家族掌控秦国朝政，幕后政治势力不俗。安国君不是嫡长子，也不是王位的继承人。起初的太子嬴悼在魏国作人质去世后，安国君依靠芈氏家族才有机会继太子位。遗憾的是，华阳夫人与安国君结婚后没能生个一儿半女。就在华阳夫人侍奉太子安国君时，委婉地提到在赵国做人质的异人非常有才能，来往的人都称赞他德高贤能，希望选异人为养子，立为继承人，以后便有个依靠。安国君很快的答应了华阳夫人。异人在20多个兄弟中脱颖而出，成为太子。
秦昭王在位五十六年死去，安国君继位，史称秦孝文王，秦孝文王在位三天去世，异人从人质逆袭成王，即秦庄襄王。异人感激吕不韦知遇之恩，拜吕不韦为丞相，封文信侯，食邑十万户。
不过，关于这段经历，《史记》与《战国策》记载不同。《史记》中说吕不韦游秦说服华阳夫人时间为秦昭王时，而《战国策》为秦孝文王时；《史记》中说吕不韦游说对象先是找的华阳夫人的姐姐，而《战国策》中记载的是先找的王后的弟弟阳泉君。因此，人们对《史记》的说法产生了怀疑。
司马迁撰写《史记·秦始皇本纪》中主要根据秦国官方档案文书写成，谨慎严肃，相对可靠。而《史记·吕不韦列传》则不乏掺杂着民间传说、奇闻怪事的成份。司马迁在《报任安书中》就说：“网罗天下放矢旧闻，略考其行事……”收集天下散失的历史传闻，粗略地考订其真实性。潜台词是说有些历史事实“不保真”。
因为《史记》的记载，秦始皇是吕不韦私生子的说法在后世广泛流传。班固在《汉书》中粗暴且直接地称秦始皇为吕政，《资治通鉴》也有类似的记载。
不过，史学家王世贞认为，秦始皇灭六国，一统天下，六国遗老遗少怨恨秦始皇。秦始皇亲政后，又逼吕不韦自杀，“秦始皇是吕不韦私生子”这种说法不奇怪，往秦始皇身上泼脏水，暗指秦国在秦始皇时血统已失去正统性，比六国先亡。
郭沫若还认为，秦始皇是吕不韦的儿子，确实是“莫须有”的事，仅见《史记》没有其他的旁证。