上世纪90年代建成的京九铁路是一项重点工程，也是中东部地区继京广、京沪、焦柳之后又一条南北走向的铁路大干线。而关于京九铁路的规划却有小京九和大京九的说法，上世纪50年代末铁道部就有了修建北京到九江铁路的构想，60年代70年代也进行勘测设计，但是由于当时的财力有限，也没有实质性开工，之所以准备修建这条北京到九江铁路，也是为了减轻京沪铁路和京广铁路的运输压力，京九正好在京沪和京广之间。
到了80年代，随着香港回归日期的确定，京九铁路再度被提及，南端的终点从九江延长到香港九龙，被称为大京九，而原先规划的北京到九江铁路则被称为小京九。京九铁路从北京出发，途经河北、山东、河南、安徽、湖北、江西、广东等省，最后到香港。这条铁路与京广线不同，京广线经过了多座省会城市，但京九线途经的省会城市只有江西的南昌，这条线经过的一些地方也是老区，要通过铁路带动沿线经济发展，有些地方还绕了一些路。当然虽说叫京九铁路，但在东莞境内就接入广九铁路（内地段也叫广深铁路），进港利用既有广九线。
广九线分出京九线的地方
京九铁路在90年代初开工建设，1995年11月全线接轨，1996年9月开通运营，最初都是用的内燃机车，部分路段还用过蒸汽机车，不久蒸汽机车退出，后来全部采用内燃机车，并且进行了提速改造，最高运行时速提高到160公里。京九线南段初期只是修建的单线，后来增建为复线。进入新世纪，随着运输需求的增长，铁路部门也对京九铁路进行电气化改造，在本世纪10年代，京九铁路全线实现电气化，换成电力机车牵引后运能有所提升。
虽然京九铁路指的北京到香港九龙，但是北京进港的直通车却是走的京广铁路和广九铁路，并不是走的京九铁路，因为走京广线更快。以前那趟北京西到深圳的Z107/108次列车倒是走的京九线，前几年被动集列车取代，即D727/728次。
Z107次列车