秸秆腐熟剂的使用可以提高土壤有机质，改良土壤品质，加强保肥保水性能，早春和秋冬季还能提高地温，减少扬沙，抑制土壤退化。秸秆腐熟剂的使用可以抑制秸秆焚烧的简单处置方法，改良空气环境质量。要用好秸秆腐熟剂应选择品质好的产品，使用时应注意湿度、保温、疏松透气，与秸秆混合均匀。腐熟剂使用方法主要有两种:一种使用方法是收获时随粉碎秸秆一起翻入土中。
此方法又称之为秸秆原位还田法，适用于大型农场机械化收割。大型收割机收获时随时将秸秆切断成5厘米以下的短秆，拌入秸秆腐熟剂，施入田中，并经旋耕覆盖于土中。如果菌剂中含有固氮菌，在秸秆腐熟过程中还可固定氮，增加土壤肥力。此方法节省劳动力，但受制于土壤湿度和温度，在干旱地区温度低时，腐熟过程很长，一般需等待雨雪过程，来年气温升高后腐熟过程才开始加速。由于此方法秸秆和腐熟剂分散于土壤中，腐熟温度不是很高，达不到杀灭上茬留下的病菌、虫卵和杂草种子，来年还得使用少量农药。
另一种使用方法是将秸秆或蔬菜大棚清理出的茎叶等切断后，集中放置于田外或田中土沟，混入腐熟菌剂覆土浇水，有的地区为了保温湿还盖上地膜，甚至拌入少量尿素溶液，调节碳氮比，加速菌剂繁殖和腐熟过程。此方法发酵温度高，相对一种方法快许多。堆置过程中秸秆温度可达 60℃，并能保持一段时间，对杀灭上茬秸秆中的病菌、虫卵和杂草种子非常有利，但劳动力消耗较多。
既要把秸秆从田中搬出，又要将腐熟好的秸秆搬入田中作基肥。腐熟过程是耗时的，北方原位还田法一般需4~5个月，南方夏秋也需要2个多月。对于复种指数高的地区适于在田外建槽发酵，既保证秸秆腐熟充分，又能冬季发酵，全年处理各种农业废弃物。如果秸秆腐熟与畜禽粪便资源化相结合生产有机肥，形成现代农业的配套企业，是一个好办法。既提高了秸秆腐一熟做肥料的品质，又增加了有机肥的产量，保护了环境。
